for(var i = 0;i <= N;i++)このようになっていますね。最初に繰り返しに入る前に「var i = 0」を実行します。そして、繰り返しを行う際、「i <= N」をチェックし、これが正しければ繰り返し部分の処理を実行します。その後、「i++」を実行してから再び条件のチェックに戻ります。――どうです? 別に難しいことはないでしょう?
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・for文の基本形
for ( 初期化処理 ; 繰り返し条件 ; 繰り返し後の処理 )
……実行する処理……
※サンプルスクリプト
<html>
<head>
<script type="text/javascript">
<!--
var N = 100;
var total = 0;
for(var i = 0;i <= N;i++)
total += i;
alert(N + "までの合計:" + total);
//-->
</script>
</head>
<body>
<H1>TEST.</H1>
</body>
</html>
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