では、Webアプリケーションのフォルダ構成を準備していきましょう。Webアプリケーションでは、フォルダ類は以下のような形で構成されています。

「GradleWebApp」フォルダ
　┣「src」フォルダ
　┃　┗「main」フォルダ
　┃　　　┣「java」フォルダ
　┃　　　┃　┗  ……Javaソースコード類……
　┃　　　┣「resources」フォルダ
　┃　　　┗「webapp」フォルダ
　┃　　　　　┣「WEB-INF」フォルダ
　┃　　　　　┃　┗ web.xml
　┃　　　　　┗ JSPファイルなど
　┗ build.gradle、他

とりあずアプリケーションのプログラム関連についてまとめてあります。「test」などは直接関係ないので省略してあります。

Webアプリケーションと一般のJavaアプリケーションの最大の違いは「main」フォルダ内にあるフォルダの構成です。ここには以下の3つのフォルダを用意します。

「java」フォルダ
おなじみ、Javaのソースコードファイルを配置するためのものですね。サーブレットなどはここにソースコードを配置します。

「webapp」フォルダ
これが、Webアプリケーションの公開フォルダとなる部分です。JSPファイルやHTMLファイルなどはここに配置します。また、この中には「WEB-INF」フォルダを用意し、その中にweb.xmlを配置しておきます。

「resources」フォルダ
Webアプリケーションのプログラムで必要となるリソース類を用意します。これは、Webページに表示するイメージファイルなどではありません（それらは「webapp」です）。例えば、JPAなどを利用する際に用意するpersistence.xmlのように、プログラムが必要とするリソースファイルです。

では、作成したGradleWebApp内に、これらのフォルダ類を用意しましょう。「main」内に、新たに「webapp」と「resources」を作成し、「webapp」の中に更に「WEB-INF」を作成すればいいでしょう。